本发明公开了与茄子果色的上位性基因Y紧密连锁的InDel分子标记与应用，所述上位性基因Y与InDel分子标记均定位于茄子的2号染色体上，所述InDel分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，在父本中与上位基因Y的遗传距离为0.65cM；用于检测该InDel分子标记的引物对的序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。该InDel分子标记及分子标记检测引物可以简便、快速、高通量地应用于茄子果色选育实践中，同时为克隆茄子果色上位性基因Y及其功能研究奠定了良好的基础。