本发明公开了一个玉米籽粒直链淀粉含量相关的分子标记。本发明前期从以玉米自交系B73为背景的EMS突变体库中筛选到一个玉米籽粒直链淀粉含量增加的突变体，然后利用EcMutMap方法进行基因定位显示，该突变体的Ae1基因第12个外显子上有一个G→A的突变，导致色氨酸变为终止密码子，该突变体命名为ae1-1。针对该变异，我们开发了对应的dCAPS分子标记及引物(SEQ ID NO.1-4所示)，可以很好的用来区分Ae1基因的野生型和突变型(突变体显示144bp的片段；野生型被BamH I酶切割产生51+93bp片段)。该分子标记可以用来进行玉米籽粒高直链淀粉新品种的辅助选择。