本发明公开了一种医学影像标注方法及系统，属于医学影像标注技术领域。首先获取医学影像数据；然后根据医学影像知识图谱，进行文字标注；然后利用Mask R‑CNN网络模型对图像数据进行语义分割，将肋骨和锁骨从图像中分割并隐藏；然后利用马尔科夫随机场模型对病灶位置和非病灶位置进行识别，进行图像标注，在图像中标注出病灶位置及病灶的属性信息、非病灶位置及非病灶的属性信息，并将相应的图像标注与文字标注建立关联；最后将文字标注及图像标注进行可视化，通过人机交互，对文字标注和图像标注进行确认。本发明能够对医学影像数据进行文字标注和图像标注，标注速度快，准确性高，有效地提高了医生的阅片效率，从而快速地进行疾病诊断。