本申请涉及一种铁路设备设施变形自动监测系统及方法，该系统包括若干个按照一定间隔固定设置在轨道的轨腰上的观测棱镜、固定设置在行车区域外的数据采集传感器以及与数据采集传感器的数据输出端连接的数据处理模块；所述数据采集传感器用于以扫描的方式向所述观测棱镜发射电磁波，并接收观测棱镜反射回的电磁波，以获取各个观测棱镜的实时空间坐标数据，并将该数据传输至数据处理模块；所述数据处理模块用于将接收的实时空间坐标数据与各个观测棱镜的初始空间坐标数据进行对比分析，得到轨道的实时几何状态参数。本申请的铁路设备设施变形自动监测系统及方法，能够实时自动监测铁路轨道的几何状态变形，监测效率高、监测结果准确性高。