本发明涉及一种磷酸钙叶酸复合粒子及其制备方法和应用，包括以下步骤：将多羧基聚合物和钙源于水中反应得到羧基/钙离子络合物溶液；在所述羧基/钙离子络合物溶液中加入不良溶剂，得到浑浊液；在所述浑浊液中加入磷酸根溶液，得到表面具有羧基的磷酸钙纳米颗粒；使用羧基活化剂活化所述磷酸钙纳米颗粒表面的羧基基团，然后加入叶酸溶液，酰胺化反应得到磷酸钙叶酸复合粒子。本发明制备得到的磷酸钙叶酸复合粒子具有高分散性，具备良好的生物相容性，同时该复合粒子兼具无机粉末的紫外散射和叶酸分子的紫外吸收，通过物理和化学双重作用实现紫外防护，能够运用于化妆品防晒剂、摩擦剂、遮瑕剂等多个领域。