本发明涉及电机领域，尤其是涉及一种磁悬浮高速电机转子结构，包括转子轴体和若干径向轴承；若干径向轴承分别套设在转子轴体上，径向轴承的内环面与转子轴体的外环面之间存在第一间隙，第一间隙内设有套杯组件，套杯组件与转子轴体配合连接，套杯组件与径向轴承的内环面之间存在第二间隙。能够避免出现转子失稳或者跌落时，高速旋转的电机转子与径向轴承接触并且由于转速差而造成摩擦产生高温，最终导致电机转子与径向轴承内圈发生碰撞以及高温焊接的情况。