本发明涉及目标物种特有序列的获取方法及目标物种检测方法，目标物种特有序列的获取方法包括以下步骤：选择基因组数据库中目标物种的所有全基因组序列，并通过对目标物种的所有全基因组序列的比对，筛选出目标物种核心序列；过滤掉核酸数据库中的所述目标物种的所有核酸序列，得到非目标物种核酸序列数据库；将目标物种核心序列与非目标物种核酸序列数据库进行比对，过滤掉目标物种核心序列中比对到的核酸序列，最终得到目标物种特有序列。通过上述方法可获得目标物种特有序列，方法简单，且可靠性高，通过鉴定样本中是否有目标物种特有序列的存在，即可确定生物的目标物种及分类地位。因此只需扩增本发明目标物种特有序列的获取方法得到的目标物种特有序列，即可鉴定目标物种的存在或目标物种分类地位。