本发明涉及CT扫描技术领域，尤其是一种移动CT系统的扫描重建方法、存储介质和CT扫描装置。本发明通过自动检测移动CT扫描机架的轨迹，利用真实的扫描空间几何信息对整个扫描区域进行图像重建，具体通过对病床检测和识别获得病床标记点数据，通过测量数据和重建数据的比对来估计扫描机架真实的运动轨迹并加以修正，使移动CT系统能够输出重叠伪影和条纹伪影等均得到明显抑制的最终图像。本发明能够实现无专用导轨的移动CT系统的精确移动，并获得满足临床要求的CT图像。