本发明属于环境微生物领域，具体是涉及一种筛选嗜酸微生物的装置及其方法，包括生物反应器、与生物反应器通过管道和泵连接的储液罐Ⅰ、储液罐Ⅱ、储液罐Ⅲ和尾液处理器，还包括磁力搅拌恒温装置和曝气装置。本发明装置不仅可设置多种选择压力的组合，而且可以在强的磁力搅拌刮擦下避免底部加热形成铁钒等结垢，此外在连续筛选下形成更加平稳的选择压力，从而可以有针对性的快速筛选到目的性强且菌株活性强、耐受性高的菌株，能显著缩短筛选目的嗜酸微生物的时间，最短周期为1周即可快速筛选出相应选择压力下的目的微生物。适用于多种嗜酸微生物的筛选，如经过诱变后的菌株或复合菌群、环境中的细菌样品或其他来源的微生物。