本申请公开了一种应用于工业信息安全主板的USB失效恢复方法及系统，属于USB设备技术领域，恢复方法包括以下步骤：上位机周期性读取USB设备的设备信息；判断是否能正常读取USB设备的设备信息；若否，则上位机向MCU发送重启指令；MCU接收重启指令，并对重启指令进行分析；根据分析结果，MCU控制相应的USB设备以断电及断开通信信号的方式进行重启。本申请可自动检测失效的USB设备，并自动对失效的USB设备进行重启，更具安全性。