本发明提供了一种测量不同设备过滤效率的多功能复合测量系统与应用，所述测量系统包括空气支路、蒸汽支路、试验段、样品配送段、取样段等子系统。本发明通过设置多支路样品配送段和多支路取样段，使得所述测量系统具备多重功能，可测试待测设备对不同类型待测样品的过滤效率，更加简单方便。根据待测样品的不同类型，选择特定取样段，各取样段分别用于测量气溶胶、碘单质、甲基碘等待测样品的浓度，互不影响。所述多功能复合测量系统针对不同类型待测样品的特点，采用更具针对性的测量方法，在不需要对试验装置改造的情况下，通过调整相应阀门的位置，可实现不同过滤设备对气溶胶、碘单质、甲基碘等不同类型待测样品的过滤效率的测量。