本发明公开了一种用于水下工频电磁场强度测量的自航装置和方法，包括：将铁磁性材料的自航装置下潜到指定海域不同深度自主航行，使用工频电磁场探测传感器采集不同深度下工频电磁场扰动信号，将不同深度下铁磁性自航装置采集的工频电磁场扰动信号和从数据库中提取的工频电磁场背景信号进行傅里叶变换，得到不同深度下铁磁性自航装置采集到的工频电磁场扰动信号强度和工频电磁场背景信号强度，将铁磁性自航装置采集到的工频电磁场扰动信号强度减去工频电磁场背景信号强度，得到铁磁性自航装置自身产生的工频电磁场扰动信号强度。本发明能够获取铁磁性自航装置自身产生的工频电磁场扰动信号强度，为水下铁磁性目标探测提供数据支撑。