本发明公开了一种抗缺陷的光子编码异或运算器，包括光子晶体介质柱阵列、平行板波导、吸波材料、保持打开状态的第一单极子天线、状态能够自由改变的第二和第三单极子天线；光子晶体介质柱阵列为二维正方点阵结构，光子晶体介质柱阵列的一面为理想电导体PEC，另外三面是吸波材料；光子晶体介质柱阵列和吸波材料均位于两个平行板波导之间；第一单极子天线在外加磁场作用下产生的电磁波能形成沿着PEC单向传输的边界态，第二和第三单极子天线与第一单极子天线在同一直线上；通过检测传输路径上的电场值，通过其快速傅里叶变换后的峰值数目来确定逻辑输出。本发明具有对表面缺陷免疫，结构简单，准确性高等优点，解决了传统编码异或运算器对缺陷敏感的缺点。