本发明属于农林技术领域，具体涉及一种耐干旱棉花育种方法及应用。本发明在棉花亲本杂交授粉后，对杂交花进行干旱处理，干旱处理的方法如下：杂交结束后的第2‑3天，于杂交花处施用干旱剂，连续处理7‑10天，每天早晚各一次；所述干旱剂配方如下：质量分数20‑25％聚乙二醇6000、质量分数4‑6％次氯酸钠、溶剂为水。本发明选择干旱剂对杂交花进行处理，不耐旱的杂交花无法结实，无法获得后代，而耐旱的种子可被保留，在种子阶段即可完成耐旱与不耐旱样本的区分，缩短了育种时间。