本发明公开了一种处理污水的复合菌剂及其制备方法，属于污水净化技术领域，具体涉及向含有SA、琼脂双衍生物、聚谷氨酸的混合液中加入复合菌液，再引入钙元素，经制备得到复合菌剂；复合菌液中含有乳酸菌、酵母菌、纳豆菌；所述钙元素与SA形成交联结构；琼脂双衍生物的制备中，首先由琼脂与OSA反应制成琼脂单衍生物，然后再由琼脂单衍生物与氯乙酸反应制成琼脂双衍生物。本发明制备得到的复合菌剂的机械性能好，复合菌剂对污水的净化性能好，对污水中COD的去除率为85%以上，对污水中氨氮的去除率为80%以上。