本发明公开了应用于FPGA的失效定位方法。该方法通过根据被测芯片的底层物理网表和原始代码，确定用于失效分析的代码块范围；对所述代码块范围对应的底层电路进行二次布线操作，将所述底层电路的多个fabric电路的中间节点数据引出到芯片外；根据所述中间节点数据分析所述底层物理网表，生成以代码块为单位的多套测试集，每套测试集包括多个测试pattern；根据所述多个测试集对被测芯片进行实测，并收集失效信息；根据所述失效信息，定位至芯片失效的物理位置。本发明技术方案通过保留原始物理网表和复现失效，实现了缩小失效范围和精确定位失效位置。