本发明公开了具有进气过滤自清洁功能的燃料电池空压机高速电机，包括机壳模块、蜗壳模块、电机主轴、端盖、高速转子与进气过滤结构，所述蜗壳模块装于机壳模块上且其端部装有端盖，蜗壳模块包括相互串联的低压蜗壳、高压蜗壳，其中低压蜗壳、高压蜗壳内侧分别通过拉杆装设有低压叶轮、高压叶轮；所述电机主轴以支撑结构支撑，电机主轴上设有高速转子；所述支撑结构包括分布于电机主轴两端的低压侧支撑单元与高压侧支撑单元，其中低压侧支撑单元包括低压侧径向空气轴承、低压侧径向空气轴承座、与低压侧径向空气轴承轴套。本发明在进风端设有进气过滤组件，该进气过滤组件能过滤空气中灰尘杂质，避免灰尘进入腔内，保证电机的正常使用。