本发明公开了一种风力发电机组运行控制方法及系统，该方法包括：S1，实时测量发电机的实际转速，并判断实际转速是否大于塔筒共振区的转速上限值，若否，则进行步骤S2；S2，采集风轮前方风速；S3，确定最佳风能利用系数下的叶尖速比，计算风轮的理论角速度；S4，计算发电机的理论转速；S5，判断理论转速是否大于转速上限值，若是，则进行步骤S6，若否，则进行步骤S8；S6，降低发电机转矩；S7，确定经过预设控制时间后的实际转速是否超过转速上限值，若是，则进行步骤S9，若否，则进行步骤S8；S8，增加发电机转矩，使实际转速小于转速下限值后返回步骤S2；S9，控制机组在最佳风能利用系数下运行。本发明能够减少机组共振次数，并保证机组发电量。