本申请公开了一种工件加工系统和工件加工方法，包括：至少两个基准底座；其上预设有绝对坐标系；内置有一基准底座的偏离度测量模块，基准底座上能配接装夹底座；装夹底座上具有工件坐标系且装夹底座具有工件夹持端；偏离度测量模块用于测量工件坐标系与绝对坐标系的偏离数值；补偿模块用于接收偏离数值并生成补偿信息；加工模块内置有主加工信息，用于接收补偿信息，并将主加工信息和补偿信息处理后生成待加工信息；加工机床内置有一同样的基准底座；加工机床包括：用于获取待加工信息，生成加工指令的控制模块；用于执行加工指令对待加工工件进行加工的驱动模块。该工件加工系统可提高工件加工效率。