本发明涉及一种气瓶防错充控制系统及控制方法，涉及气瓶充装的技术领域，其中所述气瓶防错充控制系统包括：充气主管道、第一充装机构、第二充装机构、放空机构、抽空机构、抽空检测机构。所述第一充装机构、第二充装机构均通过充装阀与充气主管道连接。所述第一充装机构、第二充装机构均通过隔离阀与放空机构的放空阀的入口连接。所述抽空机构的抽空控制阀与第二充装机构的隔离阀的出口连接。所述抽空检测机构与放空阀的入口连接。本发明的技术方案能够通完成从气瓶充装前的抽空到充装压力设定结束的全过程，解决了当前气瓶充装作业存在的难以实际落实、操作管理不稳定的问题。