本发明公开了一种目标天线的指向控制系统、方法、设备及存储介质，系统包括：参考天线、位姿确定模块、控制器与伺服模块；位姿确定模块用于确定参考天线的第一位姿信息与目标天线的第二位姿信息，并将第一位姿信息与第二位姿信息发送给控制器；控制器用于根据第一位姿信息确定参考天线指向参考卫星的参考指向角度，根据参考指向角度与第二位姿信息确定目标天线指向目标卫星的目标指向角度，并生成控制目标天线转向目标指向角度的第二控制指令，将第二控制指令发送给伺服模块；其中，参考卫星为具有全球波束的卫星，且参考卫星与目标卫星的相对位置已知；伺服模块用于响应第二控制指令，控制目标天线转向目标指向角度。