本发明属于分子生物学技术领域，公开了一种与茄子果实叶绿素合成相关的基因、分子标记及其应用，具体公开了一种与茄子果实叶绿素合成相关的基因，所述基因命名为SmAPRR2‑Like，所述SmAPRR2‑Like编码区的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明首先在茄子绿果色Gv1基因精细定位区间候选基因注释和筛选的基础上，并通过VIGS验证，确定SmAPRR2‑like为决定茄子果实叶绿素合成的候选基因；然后通过父、母本SmAPRR2‑like基因DNA和cDNA序列扩增，发现该基因在白果色母本和绿果色父本间存在扩增多态性，在此基础上开发了SmAPRR2‑Like基因内部分子标记。