本发明公开了一种全氟己烷中碳同位素丰度分析方法，包括以下步骤：S1：建立七种分子量C6F14分子的摩尔丰度计算模型；S2：利用质谱分析系统测量得到CF3基团中C‑12同位素的摩尔丰度Cm；S3：将S2测量得到的Cm代入七种分子量C6F14分子的摩尔丰度计算模型，获得七种分子量的的C6F14分子的摩尔丰度。该分析方法通过现有质谱系统分析得到CF3离子中碳同位素丰度，利用古典概型理论，得到CF3离子中碳同位素丰度与全氟己烷中碳同位素丰度的关系，再利用二项分布理论，实现全氟己烷同素异形体分子丰度计算。