本发明涉及污水处理技术领域，且公开了一种基于污水余氯值的自动加药控制系统及其控制方法，包括沉淀池、两个消毒池、加药组件、监控组件和控制组件，通过所述沉淀池对污水内的杂质和异物进行沉淀分离，所述沉淀池和两个消毒池分别通过两个管道相连通，所述沉淀池的一侧固定连接有污水入口。该种基于污水余氯值的自动加药控制系统及其控制方法，在两个消毒池反应后使两个消毒池进行连通互动，通过以高补低、以低消高的方式对余氯值不合格的消毒池内的污水进行弥补抵消，减少了直接加药和引入反应前污水的次数，避免加药次数过多从而节省了药剂与污水的反应时间，且根据不同情况使用灵活，两个消毒池均可单独的配合前后工序进行污水处理。