本发明公开了吩噻嗪衍生物在制备抑制蓝藻生长的药物或制剂中的应用，其中吩噻嗪衍生物具有如式(1)所示的通式结构，R1选自F、Cl、Br、I、CF3、CH2F、CHF2、CmH2m+1、OCmH2m+1，SCmH2m+1、N(CmH2m+1)2，R2选自N(CnH2n+1)2、OCnH2n+1、SCnH2n+1等，m、n选自0‑12的整数。本发明还提供一种蓝藻抑制剂，其包含吩噻嗪衍生物中的一种或多种，且吩噻嗪衍生物浓度为0.01‑80μg/mL。本发明中吩噻嗪衍生物对蓝藻具有显著抑制作用，抑制效应可以达到95％以上，相同条件下对绿藻具有良好的选择性，将该吩噻嗪衍生物用于抑制蓝藻生长效果显著。