本发明公开了一种用于黄瓜果皮颜色鉴定的与w基因连锁的SNP分子标记及其应用，所述SNP标记的位点为黄瓜3号染色体物理位置第40,368,703bp处，该位点的碱基是A或T，该位点碱基为A的黄瓜材料为黄瓜嫩果白色果皮材料，该位点碱基为T的黄瓜材料为黄瓜嫩果绿色果皮材料。采用本发明获得的SNP标记，可以在黄瓜候选材料的任何阶段判断其黄瓜果皮颜色，该标记具有高效、限制少、准确的的优点，对选育白色果皮的黄瓜材料提高了效率，缩短了育种周期。