本发明公开了一种多源异构数据自动融合方法、系统、设备及存储介质，属于数据融合领域，解决了数据融合开发效率低的问题；包括：获取多源异构数据的数据库操作语句，携带源数据库和目标数据库信息；基于数据库操作语句，通过候鸟捕食的群智能优化算法或数据标准筛选算法，生成数据自动化评估和筛选模型；对数据库操作语句的源数据格式进行解析得到解析数据，将解析数据作为数据自动化评估和筛选模型的输入进行数据提取和清洗，剔除掉其中的脏数据，输出融合数据；并将融合数据导入目标数据通道里；生成增量、全量、修复方案并部署到平台中，进行监控完成多源异构数据自动融合。本发明通过低学习成本和低代码的形式完成多源异构数据的自动融合。