本发明涉及冬小麦病害监测技术领域，尤其涉及一种冬小麦赤霉病的预测方法及系统，包括以下步骤：S1.采集N组冬小麦的病斑面积BM和N组冬小麦的颗粒变形程度BC；S2.将采集的所述N组冬小麦的病斑面积BM进行处理，生成病斑扩展速度BS，并将N组所述冬小麦的病斑面积BM和N组所述冬小麦的病斑扩展速度BS进行处理，生成冬小麦的病斑面积BM的平均数和冬小麦的病斑扩展速度BS的平均数。本发明直接将病斑面积、颗粒变形程度以及病斑扩展速度数据纳入对小麦的赤霉病的影响，并将影响程度具体量化，以此提高冬小麦赤霉病的预测精度，还实时的、定量的评估小麦患赤霉病的程度，并依据患病程度采取差异化的补救方法。