本发明涉及北斗卫星短报文技术领域，公开了一种基于卫星短报文的计算机远程控制方法和系统。该方法中远程控制端根据发送消息和接收消息预测信道的堵塞概率，并将所述堵塞概率和各个发送方的短报文所在的优先级队列发送到各个发送方；各个发送方根据所述堵塞概率和优先级队列确定超时时间阈值；所述超时时间阈值大于原始超时时间阈值；各个发送方根据所述超时时间阈值触发重传机制。通过远程控制端预测堵塞概率，以便各个发送端可以延长超时时间阈值，以减少重传短报文的频率，从根本上解决了信道堵塞的问题。