本申请属于地下水科学与工程技术领域，具体涉及一种土壤含水层系统渗透系数构建方法及构建系统，构建方法包括如下步骤：获取基础数据；设定空间分辨率，将基础数据统一到所述空间分辨率下；将所选区域的土壤含水层系统的地下部分从上至下划分为土壤层和含水层；计算出每个地表网格在经向和纬向上的坡度，并获取初始含水层渗透系数；计算最终土壤层渗透系数；计算最终含水层渗透系数；形成所选区域的土壤含水层系统渗透系数空间异质性的数据集。本申请的土壤含水层系统渗透系数构建方法及构建系统，对数据要求相对较低，可应用于少/无观测资料的地区，另外，渗透系数调整优化部分计算简单，减少了数值计算中的误差和不确定性。