本发明公开了一种用于猕猴桃优株及品种鉴定的SNP分子标记组合及其应用，属于生物育种技术领域。本发明公开了用于猕猴桃优株及品种鉴定的SNP分子标记，由10个SNP分子标记组成，每个SNP分子标记对应一个SNP位点。本发明基于Hyper‑seq高通量测序的结果，开发了10对SNP引物，多个引物组合可以用来鉴定候选优株、中华系及美味系的多个品种，同时可以用于构建猕猴桃的指纹图谱，待选优株在遗传上明显不同于当前的栽培品种，在分子层面可对猕猴桃优株及品种进行区分，该方法具有准确性高、稳定性好、操作简单等优点，提高了猕猴桃品种的鉴定成功率，为猕猴桃分子标记辅助育种和品种保护发挥了积极作用。