本发明公开了一种分层隔离式连续高通量基因测序装置及方法。所述装置包括负压舱体；负压舱体顶部设有负压模块和消毒过滤模块；负压舱体内利用隔板分为上层工作区和下层工作区；上层工作区设置样本前处理模块、试剂耗材存储模块；样本前处理模块包含电控磁铁、电动移液臂、机械抓夹、样本传送轨道和样本处理卡盒；所述下层工作区设置上机测序模块、废弃物回收模块和中央控制计算机；利用本装置将样本的核酸提取、文库构建、测序和数据分析流程高度集成于一体，装置结构紧凑，节省实验室空间并提高工作效率；通过全封闭一站式操作和全流程无人值守的设计，不仅提高了基因测序的速度和准确性，还增强了样本处理的安全性和可靠性。