本发明涉及一种改善海水养殖水体环境的复合芽孢杆菌制剂及其制备方法，属于水产养殖水质改善技术领域，包括以下步骤制得：将解淀粉芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌混合，得到混合菌液；将混合菌液接种到培养基中培养后，再负载到沸石中，得到增强剂；将壳聚糖、海藻酸钠和大豆分离蛋白混合后，再加入增强剂，最后制得改善海水养殖水体环境的复合芽孢杆菌制剂。本发明技术方案中，通过将四种芽孢杆菌以一定体积比混合，可以有效降低水体中氨氮、亚硝酸盐的浓度，再将其负载到沸石中，最后封装到壳聚糖、海藻酸钠和大豆分离蛋白组成的复合水凝胶体系中，可以提高复合水凝胶的热稳定性和机械性能，并降低其溶胀率。