本发明属于变流器阻抗测量技术领域，具体公开了一种基于二次侧扰动的变流器多运行点阻抗测量方法，包括以下步骤：在电流采样值中叠加正序电流扰动和在电压采样值中叠加正序电压扰动；判断是否获得大于等于两个电流运行点下的变流器的测量数据，若是则基于两个电流运行点下的变流器的测量数据，计算不同频率点的表达式的值；进而计算在各频率点下系数的值，得到变流器在多电流运行点下的阻抗值。本发明采用上述的一种基于二次侧扰动的变流器多运行点阻抗测量方法，克服了基于一次侧扰动的阻抗测量方法成本高昂、操作复杂的弊端，解决了现有基于二次侧阻抗测量方法在获取多运行点变流器阻抗时需要逐个运行点进行测量、缺少预判功能的问题。