本发明涉及微生物保藏领域，特别是涉及一种低温保存蜜环菌菌种的方法。该方法包括以下步骤：将蜜环菌接种至培养基培养，得到培养底物；将所述培养底物与低温保护剂混合后，进行平衡处理，得到平衡产物；对所述平衡产物进行低温保存。本发明提供的低温保存蜜环菌菌种的方法能够保持蜜环菌种的优良特性，还能延长菌种贮藏寿命；该方法操作简单、省时省力、保存时间长，保藏时间长达120d。由此可见，该方法可以达到长期保存蜜环菌菌种的目的，而且实验结果表明该方法不造成DNA序列的改变，不会造成遗传特性的改变。并且实验结果也证明该方法能够广泛应用于不同来源的蜜环菌。