本发明公开了一种基于代表性群体进行全基因组选择育种的方法，属于生物育种技术领域。本发明利用分子标记构建了参考群体的进化树，相似群体在进化树上会在一个节点上，在节点上抽取3‑5个个体代表这个节点上的全部个体，形成群体1。然后再依据参考群体的表型值大小抽取高、中和低3份样本形成群体2。将群体1和群体2合并后利用RHBLUP算法进行计算，本发明的RHBLUP算法先利用随机HE方法估算参考群体遗传方差，然后用BLUP方法计算分子标记效应值，该计算方法获得的预测准确性较高。因此，采用本发明的方法在处理大样本数据时不仅能显著缩短计算时间，还能保证在低样本量的预测准确性。