本发明公开了一种水性双组份聚氨酯清漆及其制备方法、使用方法，涉及清漆领域。本发明制备的水性双组份聚氨酯清漆，包含A组份和B组份，A组份包括纯水、润湿剂、消泡剂、改性丙烯酸酯乳液；B组份包括异氰酸酯固化剂、纯水；其中，改性丙烯酸酯乳液由丙烯酸酯类单体、季铵盐笼状硅氧烷、两亲性二氧化硅纳米片制得；季铵盐笼状硅氧烷是由九氟己基三甲氧基硅烷得到的笼型硅氧烷前体和3‑氯丙基三氯硅烷反应，再和4‑乙烯基吡啶反应制得；两亲性二氧化硅纳米片是由二氧化硅纳米片，和十二烷基三甲氧基硅烷，再和三聚氯氰反应再和磺基水杨酸钠反应制得。本发明制备的水性双组份聚氨酯清漆具有良好的耐水性、抗菌性和抗紫外老化性能。