本申请公开了一种索引序列生成方法、装置、电子设备及存储介质。该方法包括：获取第一基因表达数据和至少一个码本条目，对第一基因表达数据进行编码，提取第一基因表达数据中的局部信息，并将局部信息映射到潜在空间中，得到局部信息的潜在表示；基于至少一个码本条目对潜在表示进行量化处理生成第一码本索引矩阵和至少一个量化向量；对第一码本索引矩阵进行解码和重构，输出第二基因表达数据，以及对解码器和至少一个量化向量进行对抗训练，输出优化参数；对至少一个新的码本条目做自回归建模处理得到第二码本索引矩阵，利用优化后的解码器对第二码本索引矩阵进行处理得到数据样本。本方法减轻高维数据建模的计算负担，提高模型捕获数据的能力。