本发明公开了一种多层次安全认证方法及系统，涉及物联网技术领域，包括，依据动态认证路径，新节点通过邻居节点验证身份凭证的抗量子签名合法性和行为特征信任评分，输出设备层认证结果；根据设备层认证结果，选择认证路径中的验证节点对新节点进行身份复核和信任评分加权更新，得到邻居层认证结果及全网信任评分；基于邻居层认证结果，核心节点通过动态认证图谱验证新节点的全网信任评分和抗量子签名合法性，并对动态图谱进行更新和异常检测；通过抗量子签名验证和行为特征信任评分，增强了新节点认证对量子计算攻击与恶意节点伪装的抵御能力。