本发明属于生物技术领域，涉及蛋白的新应用。公开了一种NPE1蛋白及编码NPE1蛋白的生物材料在调控代谢酶催化效率中的应用。本申请的大豆的1个新基因NPE1在大豆中的过量表达将会显著增强根瘤中关键代谢酶GmPGK3a、GmPFK3a、GmGS1γ1和GmPGD2a的催化效率，从而增强大豆根瘤的固氮能力，进而提高植株地上部分生物量以及最终产量，发明人的研究将为包括大豆在内的豆科植物的氮高效和分子育种提供基因资源，为高效固氮大豆品种的分子设计提供理论依据，从而促进环境友好型的绿色可持续农业的发展。