本发明公开了一种光伏并网系统自适应容量调配的电能质量治理方法及系统，检测光伏逆变器是否处于发电状态，如果光伏逆变器未处于发电状态，切换到电能质量治理模式；如果光伏逆变器是处于发电状态，且并网点电能质量超出并网要求时，同时光伏逆变器剩余容量SR大于所需的补偿容量SF，通过并网点最优补偿模型使得满足在电能质量最优的同时补偿容量最少；反之，则对光伏逆变器进行有功削减，计算出有功削减量，通过有功削的并网点最优补偿模型使得在电能质量最优的同时补偿容量最少。本发明能够实现利用光伏多功能并网逆变器实现电能质量治理功能，同时能够实现并网点电能质量最优时，补偿容量的极小化。