本发明公开了一种利用微生物发酵的畜禽粪污转化为有机肥料的方法，属于畜禽粪污转化技术领域，该方法首先对畜禽粪污物理分选，并依据酸碱度检测结果添加石灰或磷酸二氢钾调节pH值至6.5‑7.5，确定粪污营养成分后添加硫酸锌等可溶性盐类微量元素和蔗糖、葡萄糖混合糖类物质。接着将芽孢杆菌属、乳酸菌属、酵母菌属、放线菌属的传统菌株与从畜禽养殖场周边分离的新型菌株混合，采用两步培养法优化培养，培养中添加百合提取物等植物提取物或短链脂肪酸等畜禽肠道代谢产物。发酵工艺采用可旋转发酵罐体，分快速升温、高温稳定、降温腐熟三段发酵。最后经低温真空干燥、粉碎、造粒并添加包膜材料制成有机肥料，实现了畜禽粪污的高效资源化利用。