ヒト代謝モデルおよび方法
    1.
    发明专利
    ヒト代謝モデルおよび方法 审中-公开
    人类代谢模型和方法

    公开(公告)号:JP2014211907A

    公开(公告)日:2014-11-13

    申请号:JP2014146551

    申请日:2014-07-17

    CPC classification number: G06F19/12 G06F19/18 G06F19/28

    Abstract: 【課題】ヒト骨格筋細胞を含むヒト細胞の生理学的機能を決定するための、コンピューター内モデルを提供すること。【解決手段】このモデルは、複数のHomo sapiens反応を示すデータ構造、複数のHomo sapiens反応の束縛セット、およびHomo sapiens生理学的機能を予測可能な反応を介して流束の分布を決定するためのコマンドを、含む。本発明のモデルは、関連の遺伝子を特徴付ける情報を含む遺伝子データベースを、さらに含み得る。調節されたHomo sapiens反応は、本発明のモデルにおいて、調節反応に関する可変束縛を含むことによって、表され得る。本発明は、本発明のモデルを使用してコンピューター内Homo sapiens生理学的機能を作製するための方法を、さらに提供する。【選択図】図1

    Abstract translation: 要解决的问题:提供用于确定人类细胞(包括人类骨骼肌细胞)的生理功能的计算机模型。解决方案:模型包括指示多个智人反应的数据结构,对于多个智人的约束集 反应和用于确定通过预测人类生理功能的反应的通量分布的命令。 本发明的模型还可以包括含有表征相关基因的信息的基因数据库。 调节的智人反应可以通过包括调节反应的可变约束在本发明的模型中表示。 本发明进一步提供了使用本发明的模型制备计算机智人生理功能的方法。

    Method for producing 1,4-butane diol
    2.
    发明专利
    Method for producing 1,4-butane diol 有权
    生产1,4-丁二醇的方法

    公开(公告)号:JP2014193837A

    公开(公告)日:2014-10-09

    申请号:JP2013117832

    申请日:2013-06-04

    CPC classification number: C07C29/84 B01D3/143 C07C29/80 C12P7/18 C07C31/207

    Abstract: PROBLEM TO BE SOLVED: To produce high quality 1,4BG having good color tone and capable of being used as a raw material of PBT by efficiently removing impurities, which are mixed when 1,4BG derived from a biomass resource is produced in an industrial scale, to purify the 1,4BG derived from a biomass resource.SOLUTION: A method for producing 1,4BG comprises obtaining a crude 1,4BG-containing liquid from a purified raw material 1,4BG-containing liquid, obtained by removing at least a portion of each of fungus bodies, salt content and water from a fermentation medium, through a step for removing high boiling point components and/or low boiling point components by distillation and/or a step for converting unsaturated compounds to hydrides, and further, obtaining purified 1,4BG from a side fraction in a distillation step.

    Abstract translation: 要解决的问题:为了生产具有良好色调的高质量的1,4BG,并且能够通过有效地去除以工业规模生产来自生物质资源的1,4BG混合的杂质,可以用作PBT的原料 纯化来自生物质资源的1,4BG。解决方案:生产1,4BG的方法包括从纯化的含原料1,4BG的液体中获得粗制的含1,4BG的液体,通过除去至少一种 通过蒸馏除去高沸点组分和/或低沸点组分的步骤和/或将不饱和化合物转化为氢化物的步骤,进一步获得来自发酵培养基的各种真菌体,盐含量和水的部分, 在蒸馏步骤中从副馏分中纯化的1,4BG。

    Multicellular metabolic models and methods thereof
    5.
    发明专利
    Multicellular metabolic models and methods thereof 审中-公开
    多形式代谢模型及其方法

    公开(公告)号:JP2013101691A

    公开(公告)日:2013-05-23

    申请号:JP2013024285

    申请日:2013-02-12

    Abstract: PROBLEM TO BE SOLVED: To provide multicellular metabolic models and methods thereof.SOLUTION: The present invention provides in silico models that describe the interconnections between genes in the Homo sapiens genome and their associated reactions and reactants. The invention also provides in silico models that describe interconnections between different biochemical networks within a cell as well as between cells. The interconnections among different biochemical networks between cells can describe interactions between, for example, groups of cells including cells within different locations, tissues, organs or between cells carrying out different functions of a multicellular organism. Therefore, the models can be used to stimulate different aspects of the cellular behavior of a cell derived from a multicellular organism, including a human cell, as well as be used to stimulate different aspects of cellular behavioral interactions of groups of cells.

    Abstract translation: 要解决的问题:提供多细胞代谢模型及其方法。 解决方案:本发明提供描述智人基因组中基因与其相关反应和反应物之间的互连的计算机模型。 本发明还提供了描述细胞内以及细胞之间的不同生物化学网络之间的互连的计算机模型。 细胞之间的不同生物化学网络之间的互连可以描述例如包括在不同位置,组织,器官之间的细胞的细胞群之间或进行多细胞生物的不同功能的细胞之间的相互作用。 因此,该模型可用于刺激来自多细胞生物体(包括人类细胞)的细胞的细胞行为的不同方面,并且可用于刺激细胞组细胞行为相互作用的不同方面。 版权所有(C)2013,JPO&INPIT

    System and method for constructing genomic-based phenotypic model
    7.
    发明专利
    System and method for constructing genomic-based phenotypic model 审中-公开
    用于构建基于基因组的原型模型的系统和方法

    公开(公告)号:JP2010049695A

    公开(公告)日:2010-03-04

    申请号:JP2009230027

    申请日:2009-10-01

    CPC classification number: G06F19/12

    Abstract: PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a constraints-based model for increasing the number and variety of organisms for which genomes are being sequenced. SOLUTION: A process includes computer implemented steps of: (a) accessing a database of network gene components including an annotated network set of open reading frames (ORFs) of a bioparticle genome; (b) forming a data structure associating the network gene components with network reaction components, wherein the data structure establishes a data set specifying a network model of connectivity and flow of the network reaction components; and (c) transforming the data set into a mathematical description of reactant fluxes defining the network model of connectivity and flow, wherein the mathematical description defines a scalable output network model of a bioparticle. COPYRIGHT: (C)2010,JPO&INPIT

    Abstract translation: 要解决的问题:提供基于约束的模型,用于增加基因组正在排序的生物体的数量和种类。 解决方案:一种方法包括计算机实现的步骤:(a)访问网络基因组件的数据库,包括生物颗粒基因组的开放阅读框(ORF)的注释网络集合; (b)形成将网络基因组件与网络反应组件相关联的数据结构,其中数据结构建立指定网络反应组件的连通性和流量的网络模型的数据集; 和(c)将数据集转换成定义连通性和流量的网络模型的反应物流量的数学描述,其中数学描述定义生物颗粒的可扩展输出网络模型。 版权所有(C)2010,JPO&INPIT

    Compositions and methods for the biosynthesis of 1,4-butanediol and its precursor

    公开(公告)号:JP2010521182A

    公开(公告)日:2010-06-24

    申请号:JP2009553836

    申请日:2008-03-14

    Abstract: 本発明は、4−ヒドロキシブタン酸脱水素酵素、スクシニル−CoA合成酵素、CoA依存性コハク酸セミアルデヒド脱水素酵素、またはα−ケトグルタル酸脱炭酸酵素をコードする少なくとも1つの外因性核酸を有する4−ヒドロキシブタン酸(4−HB)生合成経路を有する微生物を含む天然に存在しない微生物生体触媒を提供し、ここで、外因性核酸は、単量体4−ヒドロキシブタン酸(4−HB)を生産するのに十分な量で発現される。 また、4−ヒドロキシブタン酸(4−HB)および1,4−ブタンジオール(BDO)生合成経路を有する微生物を含む天然に存在しない微生物生体触媒が提供され、この経路は、4−ヒドロキシブタン酸脱水素酵素、スクシニル−CoA合成酵素などをコードする少なくとも1つの外因性核酸を含み、ここで、外因性核酸は、1,4−ブタンジオール(BDO)を生産するのに十分な量で発現される。

    Abstract translation: 本发明提供了一种非天然存在的微生物生物催化剂,其包括具有4-羟基丁酸(4-HB)生物合成途径的微生物生物,其具有至少一种编码4-羟基丁酸脱氢酶的外源核酸,琥珀酰辅酶A合成酶,CoA依赖性琥珀酸半醛 脱氢酶或± - 酮戊二酸脱羧酶,其中外源核酸以足够的量表达以产生单体4-羟基丁酸(4-HB)。 还提供了非天然存在的微生物生物催化剂,其包括具有4-羟基丁酸(4-HB)和1,4-丁二醇(BDO)生物合成途径的微生物生物,该途径包括至少一种编码4-羟基丁酸脱氢酶的外源核酸 ,琥珀酰辅酶A合成酶,CoA依赖性琥珀酸半醛脱氢酶,4-羟基丁酸酯:CoA转移酶,4-丁酸酯激酶,磷酸转磷酸化酶,± - 酮戊二酸脱羧酶,醛脱氢酶,醇脱氢酶或醛/醇脱氢酶,其中外源核酸为 以足够的量表示产生1,4-丁二醇(BDO)。 另外提供了生产4-HB的方法。 该方法包括培养具有4-羟基丁酸(4-HB)生物合成途径的非天然存在的微生物生物,其包含至少一种编码4-羟基丁酸脱氢酶的外源核酸,琥珀酰辅酶A合成酶,CoA依赖性琥珀酸半醛脱氢酶或± - 酮戊二酸脱羧酶在充分的厌氧条件下持续足够的时间以产生单体4-羟基丁酸(4-HB)。 还提供了用于生产BDO的方法。 该方法包括培养非天然存在的微生物生物催化剂,其包含具有4-羟基丁酸(4-HB)和1,4-丁二醇(BDO)生物合成途径的微生物生物,该途径包括至少一种编码4- 羟基丁酸脱氢酶,琥珀酰-CoA合成酶,CoA依赖性琥珀酸半醛脱氢酶,4-羟基丁酸酯:CoA转移酶,4-羟基丁酸酯激酶,磷酸转移羟基丁酸酶,± - 酮戊二酸脱羧酶,醛脱氢酶,醇脱氢酶或醛/醇脱氢酶, 时间来生产1,4-丁二醇(BDO)。 4-HB和/或BDO产物可以分泌到培养基中。

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