公开(公告)号：CN108897986A

公开(公告)日：2018-11-27

申请号：CN201810530874.6

申请日：2018-05-29

Applicant: 中南大学

Inventor： 王建新 ,  尚娟 ,  李洪东

IPC: G06F19/22 ,  G06F19/18 ,  G06F19/12

Abstract: 本发明公开了一种基于蛋白质信息的基因组序列拼接方法，包括：获取待拼接的DNA序列与蛋白质序列之间的比对信息；确定每条蛋白质序列上对应的DNA序列之间的相邻关系；构建相邻DNA序列之间的连接边并获取每个蛋白质序列上对应的每个DNA序列连接边的支持信息；依次对每个DNA序列连接边的支持信息进行去噪处理；基于权重打分函数依次对每个DNA序列的前、后节点进行去噪处理；计算存在支持信息的所有DNA序列连接边的连接间距；基于所有DNA序列连接边的连接间距以及每个DNA序列的前、后节点依次串接得到基因组序列拼接路径。通过上述方法提高基因组序列拼接结果的敏感性和精确度。

公开(公告)号：CN108897986B

公开(公告)日：2020-11-27

申请号：CN201810530874.6

申请日：2018-05-29

Applicant: 中南大学

Inventor： 王建新 ,  尚娟 ,  李洪东

IPC: G16B30/10 ,  G16B30/20

Abstract: 本发明公开了一种基于蛋白质信息的基因组序列拼接方法，包括：获取待拼接的DNA序列与蛋白质序列之间的比对信息；确定每条蛋白质序列上对应的DNA序列之间的相邻关系；构建相邻DNA序列之间的连接边并获取每个蛋白质序列上对应的每个DNA序列连接边的支持信息；依次对每个DNA序列连接边的支持信息进行去噪处理；基于权重打分函数依次对每个DNA序列的前、后节点进行去噪处理；计算存在支持信息的所有DNA序列连接边的连接间距；基于所有DNA序列连接边的连接间距以及每个DNA序列的前、后节点依次串接得到基因组序列拼接路径。通过上述方法提高基因组序列拼接结果的敏感性和精确度。