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公开(公告)号：CN106191045B
公开(公告)日：2019-10-11
申请号：CN201610645107.0
申请日：2016-08-08
Applicant: 中国科学院北京基因组研究所
IPC: C12N15/11 , C40B50/06 , C12Q1/6869 , C12Q1/04
Abstract: 本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及用于多重核酸测序的Index和构建16SrRNA多重核酸测序文库的PCR引物。本发明提供的Index充分考虑到索引标签之间的序列差异程度、碱基识别率以及测序反应对不同Index序列的数据产出偏好性，将其包含于测序或建库引物后，混合测序反应得到的测序数据平衡性相对较好。本发明提供的PCR引物非常适用于土壤样品，特异性强，目的扩增条带清晰、无弥散现象，使得土壤样品中细菌多样性研究更加高效便捷准确。本发明提供的PCR引物中含有本发明提供的Index，获得的扩增产物中含有两个Index标签，将该Index用于混合样品测序，能够实现对不同测序文库的区分。
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公开(公告)号：CN105986037A
公开(公告)日：2016-10-05
申请号：CN201610547481.7
申请日：2016-07-12
Applicant: 中国科学院北京基因组研究所
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6895 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明涉及一种用于鉴别野山参与栽培人参SNP分子标记的PCR试剂盒，其特征是由分离包装的上游引物、下游引物、无MgCl2的缓冲液、DNA聚合酶、MgCl2、脱氧核苷酸单位DNTP和灭菌双蒸水组成，其中，上下游引物的序列为：上游引物：5’‑TCCTCAGCTTATGGATATGC‑3’；下游引物：5’‑GCAAGTAGAAGTCGAACAA‑3’。各组分的用量比为：浓度为2μmol/μL的上游引物和浓度为2μmol/μL的下游引物各0.5μl；无MgCl2的缓冲液17μL；浓度为25mmol/L的MgCl2 1.8μL；浓度为5U/μL的Taq DNA聚合酶0.5μL；浓度为2.5mmol/L的脱氧核苷酸单位DNTP 1.2μL；灭菌双蒸水5.3μL。本发明试剂盒检测出的SNP标记可准确鉴别野山参和栽培人参。
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公开(公告)号：CN106148325A
公开(公告)日：2016-11-23
申请号：CN201610544033.1
申请日：2016-07-12
Applicant: 中国科学院北京基因组研究所
IPC: C12N15/10
CPC classification number: C12N15/1003 , C12Q2523/113
Abstract: 本发明提供一种用于野生人参基因组DNA的提取方法，其包括：将人参样品用液氮研磨成粉末，加入2％CTAB提取缓冲液，摇匀后于65℃水浴1‑3h，13000转/分离心10‑15min，取上清液置于新的离心管中；向得到的上清液中加入氯仿与异戊醇混合液颠倒混匀，离心10‑15min；向得到的上清液中加入氯仿混匀，离心10‑15min；向得到的上清液中加入预冷异戊醇，颠倒混匀，‑20℃放置1‑3h，离心15min，去上清液；用75%乙醇清洗DNA沉淀两次，室温下干燥3min，用重蒸水溶解，‑20℃保存备用。本发明能有效除去DNA提取过程中产生的次生产物，得到野生人参的DNA含量达，纯度高。
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公开(公告)号：CN105986036A
公开(公告)日：2016-10-05
申请号：CN201610547360.2
申请日：2016-07-12
Applicant: 中国科学院北京基因组研究所
CPC classification number: C12Q1/6895 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明涉及一种用于鉴定野生人参与栽培人参的SNP分子标记及其检测方法，其包括如下步骤：(1)提取待检测人参样品的DNA，作为扩增模板；(2)使用上下游引物进行PCR扩增反应，扩增含有SEQ ID No.1所示序列的片段；(3)对扩增产物进行测序，通过分析SEQ ID No.1所示的序列，确定自SEQ ID No.1所示序列的5’端起第236位的碱基。如果自SEQ ID No.1所示序列的5’端起第236位点处为C，则样品鉴定为野生人参，如果自SEQ ID No.1所示序列的5’端起第236位点处为缺失，则样品鉴定为栽培人参。本发明能够实现野生人参和栽培人参的药材的准确鉴定。
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