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公开(公告)号：CN118173179A
公开(公告)日：2024-06-11
申请号：CN202211586872.1
申请日：2022-12-09
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 本发明属于生物技术领域，公开了一种鉴定细胞类型的方法、系统和相关计算机设备、存储介质。所述方法包括如下步骤：1)获取多个细胞对应的核酸序列测序数据；2)根据所述多个细胞的核酸序列测序数据确定多个核酸子序列；3)计算所述多个核酸子序列在所述多个细胞中的丰度；根据所述多个核酸子序列在所述多个细胞中的丰度对所述多个核酸子序列进行聚类，得到多个核酸子序列簇；5)根据所述多个核酸子序列簇确定所述多个细胞的细胞类型。本发明将读段执行核酸、氨基酸和/或简化氨基酸三种水平上的核酸子转化，并可以将其进一步转化二进制的方式储存，降低计算时的内存需求。
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公开(公告)号：CN111128305B
公开(公告)日：2023-09-22
申请号：CN201811290409.6
申请日：2018-10-31
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： G16B30/10
摘要： 本发明提出了一种对具有已知序列的生物序列进行分析的方法。该方法包括：(a)基于所述生物序列，确定所述生物序列的全部Kmer序列，所述生物序列是通过对大片段氨基酸序列或核苷酸序列进行窗口划分获得的；(b)确定所述全部Kmer序列的每一个的频数，并基于所述频数，确定至少一个高频Kmer和至少一个低频Kmer；(c)基于所述至少一个高频Kmer，确定初步重复候选区域，其中，基于所述低频Kmer与相邻高频Kmer之间的距离，确定是否将所述低频Kmer整合至所述初步重复候选区域中。
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公开(公告)号：CN111128303A
公开(公告)日：2020-05-08
申请号：CN201811291781.9
申请日：2018-10-31
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 本发明提出了基于已知序列确定目标物种中对应序列的方法和系统。方法包括：基于所述已知序列，确定所述已知序列的全部Kmer序列，以便获得种子序列Kmer序列集合；获取来自于所述目标物种的测序读段，并基于所述测序读段的至少一部分，确定所述测序读段的Kmer序列，以便获得测序读段Kmer序列集合；确定同时存在于所述测序读段Kmer序列集合和所述种子序列Kmer序列集合的Kmer序列作为延伸起始序列；基于重叠原则，利用所述测序读段Kmer序列集合，对所述延伸起始序列进行延伸处理，以便获得所述已知序列在所述目标物种中的对应序列。
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公开(公告)号：CN111128303B
公开(公告)日：2023-09-15
申请号：CN201811291781.9
申请日：2018-10-31
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 本发明提出了基于已知序列确定目标物种中对应序列的方法和系统。方法包括：基于所述已知序列，确定所述已知序列的全部Kmer序列，以便获得种子序列Kmer序列集合；获取来自于所述目标物种的测序读段，并基于所述测序读段的至少一部分，确定所述测序读段的Kmer序列，以便获得测序读段Kmer序列集合；确定同时存在于所述测序读段Kmer序列集合和所述种子序列Kmer序列集合的Kmer序列作为延伸起始序列；基于重叠原则，利用所述测序读段Kmer序列集合，对所述延伸起始序列进行延伸处理，以便获得所述已知序列在所述目标物种中的对应序列。
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公开(公告)号：CN111128305A
公开(公告)日：2020-05-08
申请号：CN201811290409.6
申请日：2018-10-31
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： G16B30/10
摘要： 本发明提出了一种对具有已知序列的生物序列进行分析的方法。该方法包括：(a)基于所述生物序列，确定所述生物序列的全部Kmer序列，所述生物序列是通过对大片段氨基酸序列或核苷酸序列进行窗口划分获得的；(b)确定所述全部Kmer序列的每一个的频数，并基于所述频数，确定至少一个高频Kmer和至少一个低频Kmer；(c)基于所述至少一个高频Kmer，确定初步重复候选区域，其中，基于所述低频Kmer与相邻高频Kmer之间的距离，确定是否将所述低频Kmer整合至所述初步重复候选区域中。
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