本发明提供一种Ge复合衬底、衬底外延结构及其制备方法，所述Ge复合衬底的制备方法包括：提供Ge衬底，且所述Ge衬底具有注入面，其中，所述Ge衬底为具有斜切角度的Ge衬底；于所述注入面进行离子注入，以在所述Ge衬底的预设深度处形成缺陷层；提供支撑衬底，将所述Ge衬底与所述支撑衬底键合；沿所述缺陷层剥离部分所述Ge衬底，使所述Ge衬底的一部分转移至所述支撑衬底上，以在所述支撑衬底上形成Ge薄膜，获得Ge复合衬底。通过上述方案，解决了在Si基衬底上直接生长III‑V族外延层困难、在Ge衬底上外延生长III‑V族外延层反相畴难抑制以及Ge与Si基材料等集成难的问题。