本发明公开了一种金枪鱼下脚料的酶解和电场复合处理方法，包括：步骤1)用清水将金枪鱼下脚料清洗干净，打碎；用氯化钠配置质量浓度为0.3‑0.5g/mL的盐水，将盐水加热至25‑30℃，加入至浆状物中，盐水和浆状物的质量比为1:5‑8；步骤2)向浆状物中加入胃蛋白酶进行一次酶解；步骤3)向一次酶解液中持续通入二氧化碳气体，置于高压脉冲电场中进行处理，继续通入二氧化碳气体，高压脉冲电场的电场强度为55‑60kV/cm；步骤4)再加入中性蛋白酶进行二次酶解；步骤5)加入盐酸，继续加入无水乙醇；步骤6)离心分离。本发明提高了对鱼油的提取率，提高了EPA和DHA在鱼油中的含量。