本发明公开了一种金枪鱼下脚料的回收处理工艺，包括：步骤1)用清水将金枪鱼下脚料清洗干净，打碎；步骤2)向浆状物中加入胃蛋白酶进行一次酶解，持续通入氮气，氮气的流量为1.5-2.5m/s，得到一次酶解液；步骤3)向一次酶解液中持续通入二氧化碳气体，置于高压脉冲电场中进行处理，继续通入二氧化碳气体，高压脉冲电场的电场强度为55-60kV/cm；步骤4)再加入中性蛋白酶进行二次酶解，持续通入氮气，氮气的流量为3.5-5.5m/s；步骤5)向二次酶解液中加入盐酸，继续加入无水乙醇；步骤6)离心分离。本发明提高了对鱼油的提取率，提高了EPA和DHA在鱼油中的含量。