提供一种能够确认在用于收纳基板的盒中是否恰当地装设有盖的基板收纳处理装置、基板收纳处理方法以及记录介质。基板收纳处理装置具备：载置部，其用于配置盒，所述盒具有以相对于开口部可装卸的方式装设于开口部的盖；盖装卸机构，其进行盖相对于被配置在载置部的盒的开口部的装卸，所述盖装卸机构设置为能够在与被配置在开口部的位置的盖接触的装设位置和不与被配置在开口部的位置的盖接触的退避位置之间移动；盖保持传感器部，其用于探测是否由盖装卸机构保持着盖；以及控制部，其基于盖保持传感器部的探测结果来判定有无与盖的装卸有关的异常。